Les sigles MPSI (première année) et MP (deuxième année) signifient respectivement "Mathématiques,Physique, Sciences de l'Ingénieur" et "Mathématiques,Physique". La filière MPSI-MP offre deux années de solide formation scientifique et prépare aux concours des grandes écoles d'ingénieur.

La filière MPSI-MP met à l'honneur les Mathématiques et la Physique et donne une formation théorique poussée dans ces deux disciplines.
L'enseignement est complété par des heures d'Informatique, de Français-Philosophie, de Langue vivante (Anglais, Allemand, Espagnol) (programme commun en MPSI-MP et PCSI-PC), et à partir du deuxième semestre de MPSI par les TIPE (Travaux d'Initiative Personnelle Encadrés) que les élèves peuvent réaliser en Mathématique ou en Physique selon leur choix.
Les élèves ont également la possibilité de suivre une seconde langue vivante et ont des séances (facultatives) d'EPS.

Matière	Semestre 1 MPSI	Semestre 2 MPSI	Année MP
Mathématiques	10h cours,2h TD	10h cours, 2h TD	10h cours// 2h TD
Physique/chimie	5h cours, 1h TD, 2h TP	5h cours, 1h TD, 2h TP	6h cours, 1h TD, 2h TP
Informatique	1h cours, 1h TP	1h cours, 1h TP	1h cours, 1h TD
Sciences de L'ingénieur	1h cours, 1h TD	1h cours, 1h TD	1h cours, 1h TD
TIPE	-	2h	2h
Français Philosophie	2h	2h	2h
LV1	2h	2h	2h
LV2 (facultatif)	2h	2h	2h

Deux heures d'interrogations orales (colles) par semaine préparent aux oraux des concours,
Les devoirs surveillés, le samedi matin, préparent aux écrits.

Vie étudiante
Dans un cadre agréable et propice au travail, l'ambiance entre étudiants est à l'entraide et au soutien mutuel.
Une association étudiante BEJA pour Bureau des Etudiants du lycée Jacques Amyot favorise la cohésion entre étudiants et organise divers événements à visée solidaire, écologique, festive et/ou scientifique.